1278 kam Sursee und Umgebung unter die Herrschaft der Habsburger, die zur Königswürde aufgestiegen waren. Im Sempacherkrieg 1386 kämpften sie gegen die Habsburger. 1415 eroberten die Eidgenossen den Aargau und damit  die Stammlande der Habsburger. So wurde das Michelsamt zum Untertanengebiet der Stadt Luzern. Der Rat («die gnädigen Herren») wählte den sogenannten Twingherren.

Luzern erwarb auch die Reichsvogtei über das Stift und die Schirmherrschaft über das Michelsamt. Ab dem 16. Jahrhundert wurden die Herrschaftsrechte des Stifts durch die Stadt immer mehr zurückgedrängt.